Geçmiş uygarlıkları bağrına basan Anadolu’nun giriş kapısı İstanbul’da çok eski medeniyetlerin vücut bulduğu ve yaşadığı bilinmektedir. Bütün dünyadan dönemin tek ulaşım aracı olan gemilerin yanaştığı Yenikapı Limanı milattan sonra 800. yıllar itibariyle en aktif ve parlak dönemini yaşamıştır.
Yüzlerce yıllık geçmişi topraklar altında kalan limanın buluntuları Marmaray kazıları sırasında ortaya çıkmış ve ahşap kadırgaların gün yüzüne çıkartılmış olanlarının sergilenmesi amaçlanmaktadır.
Dünya’daki örnekleri gibi yeni nesillere geçmiş denizcilik kültürünü aktarmayı amaçlayan müze aynı zamanda da uzun geçmiş denizcilik tarihi hakkında detaylı bilgiler aktaracaktır.